فهرست دانشگاه‌ها در آلمان شامل تمام مراکز آموزش عالی می‌شود که توسط دولت این کشور به رسمیت شناخته شده‌اند. این مراکز می‌توانند دولتی، غیردولتی یا متعلق به ارگان‌های مذهبی باشند.

در نظام آموزش عالی آلمان، به‌طور کلی دو نوع مرکز آموزش عالی وجود دارد. نوع اول که بیشتر با نام دانشگاه (به آلمانی: Universität) شناخته می‌شوند، ساختاری شبیه به ساختار سایر دانشگاه‌های دنیا دارند و روش تحصیلی آن‌ها بیشتر بر مفاهیم تئوری استوار هستند. نوع دوم که با نام مدرسه عالی (به آلمانی: Fachhochschule) شناخته می‌شوند، بیشتر روش‌های عملی را در چارچوب برنامه آموزشی خود گنجانده‌اند و برای رشته‌هایی مانند هنر، موسیقی و بسیاری رشته‌های فنی که جنبه عملی آن‌ها مهم است به کار می‌روند. مدارس عالی آلمان حق اعطای مدرک دکترا را ندارند.

در حال حاضر بیش از ۴۲۵ دانشگاه و مرکز آموزش عالی در آلمان وجود دارد که شامل دانشگاه‌ها و مدارس عالی مختلف (مانند مدارس فنی، هنری، مذهبی، مدیریتی و…) می‌شوند. نام تعدادی از آن ها در زیر آمده‌است.

فهرست دانشگاه ها و مدارس عالی فنی آلمان